现有两条“市通郊”公交线路：

申崇一线　　经长江隧桥、五洲大道、翔殷路隧道、翔殷路、邯郸路至北区汽车站。待汶水路交通枢纽建成后迁置该处，全线长约53公里，运行时间约80分钟。

申崇二线　　经长江隧桥、五洲大道、杨高北路、杨高中路、锦绣路至上海科技馆站。全线长约48公里，运行时间约65分钟。

两线票价均为12元，营运时间05:55—19:00；2、开通相关区间线路。

在申崇二线上开通长兴岛至上海科技馆站的区间线。全线长约35公里，运行时间约50分钟，票价9元。

沿长江隧桥开通陈家镇至长兴岛县域区间线。全线长约13公里，票价4元。

申崇班车线（暂名）  从西门汽车站起经南门路、东门路、育麟桥路、鼓浪屿路、陈海公路、上海长江隧桥、五洲大道、翔殷路、邯郸路、汶水东路至 中山北路北区枢纽站。线路全长98.6公里，单程行驶时间约2小时；营运时间6时—19时；计划班次间隔30分钟。票价20元。

长江隧桥通车后，崇明县域内相关公交线路也有所调整。在南裕线上增设南裕快速线和调整南裕区间线至陈家镇，延伸堡陈线和堡安线部分班次至陈家镇换乘市通郊线路，凤园线和园渡线合并后连接长横对江渡至马家镇码头换乘市通郊线路。